保护区是生物多样性十分丰富的地区之一，区内有植物450种，鸟类有379种，两栖爬行类45种，鱼类281种，哺乳类47种。其中国家重点保护的一类野生动物有丹顶鹤、白头鹤、白鹤、白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、遗鸥、大鸨、白肩鵰、金鵰、白尾海鵰、白鲟共十二种，二类国家重点保护野生动物有67种，如獐、黑脸琵鹭、大天鹅、小青脚鹬、鸳鸯、灰鹤等。

　　保护区是挽救一些濒危物种的最关键地区，如丹顶鹤、黑嘴鸥、獐、震旦鸦雀等。每年来区越冬丹顶鹤达到千余只，占世界野生种群50%以上；有一千多只黑嘴鸥在区内繁殖；千余只獐生活在保护区滩涂。盐城还是连接不同生物界区鸟类的重要环节，是东北亚与澳大利亚候鸟迁徙的重要停歇地，也是水禽的重要越冬地。每年春秋有300余万只海鸟迁飞经过盐城，有近百万只水禽在保护区越冬。保护区还是我国少有的高濒危物种地区之一，以发现有29种被列入世界自然资源保护联盟的濒危物种红皮书中。因此，盐城保护区在国际生物多样性保护中占有十分重要的地位。

　　保护区始终坚持走“保护和监测”一起抓，生态效益、经济效益和社会效益并举之路。20年来，组织科研人员攻关，发表了论文40余篇，完成了资料本底调查，开展了越冬地丹顶鹤、河麂、黑嘴鸥等驯养、繁殖，GIS在保护区管理中的运用等课题；筹资恢复湿地，建设了万亩芦苇、万亩湿地，使鹤类和水禽有了良好的栖息场所，使越冬种群逐年增多；开展了国际合作和交流，配合国内外科研机构和学校举行了六次国际野生动物保护培训班，并同全球环境基金、保护国际、澳洲环境署、亚洲湿地局及香港、台湾等地区和组织开展了众多的国际合作项目，大大提高了盐城保护区在国际上的影响；组织了精干的管理队伍，年年巡护在保护区辽阔的地域上，收缴各类非法狩猎枪支280余支，查处非法狩猎案件40余起，制止了多起破坏环境、破坏鹤类栖息地的事件；成功地利用物种资源丰富的优势,因地制宜地开展生态旅游,先后接待来自美、英、法、德及香港等40多个国家和地区的专家、学者和游客以及国内游客数十万人。